基因测序迎来新变革，ISS技术或将开启空间功能基因组学？

　　原位测序 (ISS) 是一种新方法，通过该方法直接在固定组织或细胞样品的切片中对 mRNA 进行测序。原位测序原理关键是测序信息与其位置之间的联系—在一些情况下，测序方法是亚细胞位置。这与传统测序不同，后者在将样本从内源环境中移除后分析样本，从而丢失位置信息。

　　ISS由斯德哥尔摩大学开发，可同时量化数百个 mRNA 转录本，并以单细胞分辨率在空间上解析它们。该方法使用四种荧光染料来指示核酸碱基、 RNA 挂锁探针和催化在挂锁探针位置形成环化 DNA 的酶，这种机制称为滚环扩增。使用成像技术读取产生的荧光 DNA。

　　全基因组测序

　　空间检测技术

　　斯德哥尔摩大学研究的新的测序方法，称为原位测序 ( HybISS )。与以前的 ISS 方法一样，HybISS 使用挂锁探针的滚环放大。HybISS原位测序除了具有较大的灵活性和多路复用性外，还提高了空间检测的灵敏度。

　　HybISS原位测序可用于为细胞图谱项目创建全面的空间参考地图。然而，建立完整的器官或组织的完整基因表达谱仍然需要大量时间，这对于研究器官/组织图谱是必不可少的。

　　原位测序原理与应用

　　除了不同类型的肿瘤外，Cartana 已将这种生物技术用于小鼠和人类的至少 12 种组织类型，主要作用是识别组织内的免疫细胞。例如，如果通过这种技术可以绘制和识别肿瘤中的免疫细胞，那么您就可以查看肿瘤的浸润情况并评估免疫反应的程度，这也是一个热门应用.

　　与靶向 ISS 方法相比，荧光原位测序 ( FISSEQ ) 的非靶向方法也被开发应用。生物科学家曾进行过多种不同版本的原位单细胞测序进行开发，包括 RNA、基因组 DNA、病毒 RNA 和条形码的靶向分析针对蛋白质的抗体。